建筑業具有關聯度高、帶動性強、輻射面廣的特點，在國民經濟中具有不可替代的重要作用。為確保建筑業稅制轉換平穩，國家出臺了多項過渡性政策。但受行業特點、經營模式及歷史做法等影響，建筑行業在適應新稅制、遵從新稅制方面，還存在一些亟待解決的問題，應認真研究加以解決。
主要過渡政策
三種情形可以選擇簡易計稅。一般納稅人為建筑工程老項目、以清包工方式或者為甲供工程提供的建筑服務，均可以選擇適用簡易計稅方法計稅。建筑服務營業稅稅率為3%，增值稅征收率為3%，營業稅是價內征收而增值稅是價外征收的，按營業稅口徑返算，3%的增值稅征收率相當于2.91%的營業稅稅負水平。
簡易計稅可差額扣除分包款。小規模納稅人提供建筑服務及一般納稅人提供建筑服務選擇適用簡易計稅方法計稅的，延續營業稅差額扣除政策，以取得的全部價款和價外費用扣除支付的分包款后的余額為銷售額。
異地建筑服務應預繳稅款。適用一般計稅方法的納稅人跨縣市提供建筑服務，以取得全部價款和價外費用扣除分包款后的余額，按照2%的征收率在服務地預繳增值稅；適用簡易計稅的納稅人跨縣市提供建筑服務，以取得全部價款和價外費用扣除分包款后的余額，按照3%的征收率在服務地預繳增值稅。納稅人在服務地預繳的稅款，可以在當期應納稅額中扣除。這種制度安排，主要是穩定試點前后各地區的財政利益，同時不違背固定業務在機構地申報納稅的增值稅基本政策規定。
存在的突出問題
現行運作模式不適應增值稅管理要求。我國現行法律對建筑工程總包人有嚴格的資質要求。在實踐中，一些沒有資質或資質較低的企業或個人（實際承包人），往往以其他有資質或資質較高的建筑企業（名義承包人）名義承包建筑工程，除收取一定的管理費和負責代扣代繳營業稅、到地稅機關代開發票外，名義承包人基本不參與材料采購、工程施工等其他事務，很多情況下發包人工程款甚至直接支付給實際承包人，業內稱為“資質共享”。這種運作模式非常普遍，甚至可以說是目前我國建筑業的主要運作模式。營改增后，這一模式面臨以下難題：一是根據試點政策，名義承包人為納稅義務人，應當由名義承包人向發包人開具發票。但是，名義承包人基本不參與工程建筑，無法對材料采購等事項進行有效管控，接受虛開發票等納稅風險陡然增加。目前，已陸續出現一些名義承包人不愿開票導致實際承包人無法結算工程款的現象。二是如果實際承包人注冊成立機構、辦理稅務登記成為獨立核算的增值稅納稅人，并與名義承包人簽訂轉包合同，便可以建立增值稅鏈條關系，但同時又會遇到“建筑法禁止整體轉包”這一新的難題。
跨縣建筑服務發票使用規定操作不便。建筑企業對工程項目的內部管理主要采取內部承包方式，即建筑企業將工程項目分包給項目經理，分散在各地的項目部并不是獨立經營的主體，建筑企業仍是承擔民事法律責任的主體。營業稅下，一般由項目部向項目所在地地稅機關申請代開發票。營改增試點政策規定，建筑企業跨縣（市、區）提供建筑服務，應由企業機構所在地國稅機關開出外出經營許可證，到項目所在地國稅機關辦理報驗登記，但增值稅發票只能向機構所在地領用和開具（小規模納稅人代開專用發票除外）。與營改增前相比，增值稅發票開具方式變化較大，建筑企業難以適應，實際操作中將面臨一些突出問題，如建筑行業農民就業比例高，一旦發生未及時開票導致無法結算工程款，或者建筑企業以此為借口不及時發放農民工工資，極易引發群體事件，而建筑工程所在地國稅機關雖然處在矛盾焦點之中，卻無力解決問題。
規范建筑企業的日常稅收管理難度大。會計核算健全，是增值稅政策對一般納稅人的基本要求。但受行業經營特點、營業稅管理模式等因素影響，營改增后建筑企業稅收管理難度大，主要體現在以下方面：一是建筑企業會計核算不規范的現象非常普遍，一些建筑企業基本不建賬，對許多建筑企業來說，營改增后規范會計核算可能要從頭起步，從零開始。二是國稅機關稅收監管手段有限。現行試點政策規定，跨縣（市、區）提供建筑服務，應向項目所在地國稅機關預繳一定比例的稅款，但發票只能在機構所在地國稅機關領用，會計核算資料自然也集中在建筑企業，對項目所在地國稅機關來說，很難實施有效的稅收監管。三是建筑行業運行模式轉型難度大。建筑行業管理不規范、運作模式不適應增值稅的要求，是業內外都認識到的實際問題。但是，商業模式的調整，絕非一朝一夕之事。在此過程中，如何做到既規范執行營改增試點政策規定，又妥善處理開票方式改變、不能及時結算工程款引發的民生（農民工）問題，是基層國稅機關面臨的巨大挑戰。
對增值稅稅負特點的認識存在誤區。營業稅的稅率即稅負率，企業所屬的行業（服務）確定了，企業的稅負率也就確定了。但增值稅不同，企業的稅負率由當期銷項稅額和進項稅額兩個因素決定。實踐中，企業實現的銷項稅額與取得的進項稅額，往往會不同步，這一特點決定了短期內企業的稅負率并不客觀真實。如果建筑企業前期取得預收款較多，而購買材料、物資等相對滯后，工程建設前期很可能出現稅負率偏高的現象。一些建筑企業對增值稅稅負的特點認識不到位，如稅務機關不能及時準確做好宣傳解釋，容易引發一些本可避免的問題。
應對的若干建議
頂層設計要更加科學，完善制度安排。針對建筑業營改增后面臨的問題，對相關制度安排提出以下建議：一是建議修改建筑法相關條款，在符合一定條件的情況下，允許轉包建筑工程。在此基礎上，要求總包、轉包、分包各方作為獨立的納稅主體，依法履行增值稅納稅義務和對外開具發票。二是提升稅收征管信息共享度。在建筑企業開展試點并加快推行電子增值稅專用發票，解決建筑企業跨縣（市、區）提供建筑服務發票開具的部分問題。同時，充分利用金稅三期全面推行的有利條件，建立全國統一的稅收征管信息平臺，允許跨縣（市、區）提供建筑服務涉及的機構地國稅機關和項目地國稅機關共享建筑企業相關征管信息，共同加強對建筑企業的稅收管理。三是在全國稅收征管信息平臺建立前，應調整有關管理的具體程序，如建議在外經證上注明納稅人的類型（一般納稅人或小規模納稅）。四是明確納稅人跨縣提供建筑服務未按規定向建筑服務發生地主管國稅機關申報預繳稅款的，建筑服務發生地主管國稅局可以依照稅收征管法關于未按規定申報納稅相關條款進行處罰。
建筑企業要轉變觀念，主動適應新的稅制。一是建筑行業各方應當形成共識，主動調整現有經營模式，建立符合增值稅政策規定和管理要求的新模式；二是建筑企業的決策層要切實轉變觀念，充分認識到營改增試點，不僅僅是簡單的稅制轉換，更是企業轉型發展的契機，主動適應新稅制的要求。三是建筑企業要按照營改增試點政策和管理要求，從運作模式、內控管理及會計核算等方面，做出有針對性的調整、規范和重構。四是建筑企業內部的財務、招投標、采購等各個部門，要盡快熟悉和掌握營改增試點政策及管理要求，并在實踐中嚴格遵守和規范運用，切實提高企業遵從稅法的能力。
國稅機關要轉變思路，持續漸進規范管理。國稅機關要樹立持續服務、漸進規范的理念，不放任不管，也不操之過急，唯有如此，才能確保稅制平穩轉換。一是加強營改增試點政策和管理要求的宣傳輔導，切實提高納稅服務的針對性和實效性，幫助和指導建筑企業盡快熟悉新稅制、遵從新稅制和受益新稅制。二是積極爭取地方政府部門的支持，充分利用綜合治稅平臺，及時獲取建筑工程涉及的土地使用（國土局）、立項（發改委）、規劃（規劃局）、施工審批（建設局）等相關信息，在此基礎上采取針對性措施加強稅收管理。三是加強稅企互動，多深入企業開展調研，保持問題反映渠道暢通，及時了解建筑業執行營改增試點政策遇到的問題和困難，并及時加以研究，積極向上級國稅機關提出完善建筑業增值稅政策和管理的對策建議。