任何大規模的稅制改革都自有其內在邏輯，也會帶來兩類關鍵問題：轉換問題和結構性問題。金融行業也不例外，而且就營改增而言，這兩類問題更加突出，因此應當采取相應對策。
轉換問題
轉換問題是指從舊稅制下的營業稅轉換為新稅制下的增值稅的過程中，遭遇到的高成本和高復雜性。營改增屬于典型的簡單稅制到復雜稅制的轉換。世上最簡單的稅制莫過于對銷售（營業）收入的征稅，營業稅就是如此。無論與所得（收入或利潤）相比，還是與財產相比，抑或與“進項”（購買）相比，銷售都屬于最容易被測量和監控的稅基。這就是營業稅的最大優勢：簡潔且管理成本低。
增值稅恰好相反：由于需要區分和核實進項，并且需要開具或索取允許抵扣的增值稅專用發票，納稅人要按稅法規定正確履行納稅義務，不得不面對極高的復雜性管理成本。廣義的管理成本還包括稅務部門乃至全社會為此付出的各種顯性和隱性成本。與多數實體經濟行業相比，金融業由于其本身固有的行業特殊性，管理成本和復雜性更高。考慮到稅目覆蓋貸款服務、直接收費金融服務、保險服務以及金融商品轉讓，而且每個業務板塊都涉及不同的進項和發票的獲取與核實，成本和復雜性更是可想而知。
當前金融業中的許多納稅人開具和索取發票的困難依然十分突出，導致進項抵扣減少，稅負高企，好在延續的原營業稅優惠政策有助于減緩這個問題。這些政策包括對存款利息、保險賠付和并購無形資產轉讓行為等，不征增值稅。其他的減免優惠，也有助于緩解“進項抵扣難”帶來的稅負攀升，比如小規模納稅人適應3%的簡易征稅率的規定。不過，金融業的小規模納稅人很少。
總體看，與優惠措施相比，加重稅負的因素更多、影響也更大，因而出現行業性稅負加重的風險相當高。這是由許多因素共同造成的——這些因素及其綜合作用使得“進項抵扣”變得很困難。貸款利息不允許抵扣的規定，就是其中影響甚大的一個因素，并且影響到所有相關納稅人。這項政策的本質依舊是延續營業稅的原理，而非采用增值稅的原理。
作為回應，目前關于采取進一步減稅措施的呼聲很高。這是可以理解的，無論從納稅人還是從整個金融業乃至整體經濟的角度考慮。真正的問題不在于減稅，而在于如何才能保障金融業的整體稅負不會因為營改增而攀升？如果減稅只有限定在金融業務的某個局部或者某個特定環節，幾乎沒有實質意義，因為增值稅的基本特征是行業價值鏈條上各個環節的相互牽制：對賣方（上中游）的減稅意味著對下游（中下游）的增稅，因為前者減少的稅負不會出現在后者的“進項抵扣”中。事實上，上中游減稅越多，中下游稅負越重。
一定要注意，這里講的上中下游，涉及的不只是金融業，也涉及實體經濟的行業和企業，后者本身就可能有應稅金融業務，也可能作為金融業納稅人的金融服務購買者。所以，金融業的價值鏈與實體經濟的價值鏈條，其實緊密相連、環環相扣。在這種情況下，局部性減稅的意義相當有限，真正需要的是對整體的增值稅稅率的平均式下調。
這就涉及到另一個問題：營改增的意義難道就在于減稅嗎？如果只是為了減稅，大可不必大費周折地“營改增”。所以，營增稅的中長期意義，不宜從減稅中尋找，也不宜從轉換成本的角度說事，因為假以時日，轉換中出現的困難和成本，終將被逐步消化吸收。
結構性問題
中長期看，營改增帶來的真正問題是：在稅制結構中“做掉”營業稅、強化增值稅，將給整個金融行業乃至整個經濟帶來怎樣的影響？正面還是負面？究竟會有多大？
就允許抵扣而言，增值稅比營業稅享有經濟上的優勢：不會導致重復征稅，因而有助于鼓勵專業化分工基礎上的協作生產。這也意味著，金融業作為經濟系統中舉足輕重的服務型行業，在營業稅制下的歧視性待遇將徹底終結。營改增前，與其他實施增值稅的行業相比，適用營業稅的金融業（和其他服務業）不允許抵扣進項稅。在此意義上，營業稅與增值稅并行的稅制結構使金融業遭受稅收歧視。營改增終結了這一局面，為金融業和其他服務業的蓬勃發展掃除了重復征稅和稅收歧視的障礙。
然而，增值稅鼓勵服務業發展的這個優勢，只有在擁有足夠多進項抵扣的前提下，才會構成真正的經濟優勢——鼓勵專業化分工基礎上的協作。在進項很少、或者進項雖多但索取或開具抵扣發票十分困難的情況下，增值稅的相對優勢實際上相當有限。結果，與營改增前相比，稅負不僅不會減少，而且非常可能出現局部或行業性攀升。這就是當前金融行業和其他進項抵扣嚴重不足的行業共同面對的結構性困境。
這個困境，根植于知識經濟背景下增值稅本身的結構性劣勢。與依賴長鏈條的分工協作鏈創造價值的大工業（舊經濟）時代不同，進入21世紀后，知識經濟得到蓬勃發展。與舊經濟不同，在知識經濟下，行業和企業的價值創造方式出現了革命性變化：不再依賴長鏈條的分工協作（一環接一環地購進），而是依賴提高內部生產率、尤其是通過基于大數據和互聯網的平臺整合創造價值，從而使得“進項”越來越少，對于價值創造的貢獻也越來越不重要、甚至微不足道。蘋果、阿里巴巴、空中食宿和優步打車公司，都是極為經典的例子。
作為高度依賴知識創造價值的金融業而言，情形也是如此，而且趨勢越來越明顯。在這種情況下，金融業只需要依賴很少的進項就能創造大量價值，增值稅的經濟優勢也因此被大大削弱。更一般地講，主要適用大工業時代的增值稅，在知識經濟時代已經落伍了。雖然仍難絕對斷言，增值稅的采用將阻礙知識經濟的成長，但不可否認，增值稅的內在邏輯本身就包含了不利于“以知識創造價值”（銷售、利潤和現金流）的因素。
需要做些什么
金融業在營改增后遭遇的難題不只是短期的轉換問題，而是更加緊要的結構性問題。即使對金融業納稅人或者整個金融業實施減稅，也無法完全解決結構性問題，但有助于緩解這個問題。
因此，營改增不應當作一次性工程，而應當作為一個連續的稅制改革進程的第一個階段。第二階段的改革應著眼于增值稅的結構性改進，包括改進與其他稅種的匹配性，核心命題是：確保那些采用知識經濟方法創造價值的行業和企業，在進項抵扣上的稅收待遇不亞于那些采用舊經濟方法創造價值的行業和企業。這項改進可以從金融業做起，包括系統擴大允許抵扣的范圍，比如固定費用（包括長期資產的折舊）。