2018年6月6日，國家稅務總局發布了《企業所得稅稅前扣除憑證管理辦法》（國家稅務總局公告2018年第28號）。從此，企業所得稅稅前扣除憑證有了更明確的規定。土地增值稅的扣除憑證呢？
《國家稅務總局關于房地產開發企業土地增值稅清算管理有關問題的通知》（國稅發[2006]187號第四條第一款規定，扣除取得土地使用權所支付的金額、房地產開發成本、費用及與轉讓房地產有關的稅金，須提供合法有效憑證；不能提供合法有效憑證的，不予扣除。
條文并未進一步對“合法有效憑證”做進一步解釋。于是乎2015-2017之間，北京、青島、安徽、山東、廈門、海南等地陸續出臺了地方性文件，對土地增值稅的“合法有效憑證”進行了細化解釋。
各地的對土地增值稅憑證的解釋局限于：合同協議、財政票據、發票、簽收單據、收付款憑證、法院文書、境外支付證明等等。
上述傳統意義上的“合法有效憑證”并未解決以下兩個問題：
一、土地增值稅清算之后再次取得的“合法有效憑證”能否重新扣除？
從《企業所得稅稅前扣除憑證管理辦法》來看，有幾個新思路可供土地增值稅管理借鑒：
第十三條 企業應當取得而未取得發票、其他外部憑證或者取得不合規發票、不合規其他外部憑證的，若支出真實且已實際發生，應當在當年度匯算清繳期結束前，要求對方補開、換開發票、其他外部憑證。補開、換開后的發票、其他外部憑證符合規定的，可以作為稅前扣除憑證。
按照上述規定，是否可以類推：一般情況下，土地增值稅在清算審核結論出具之前提供的合法有效憑證都可以計入土地增值稅的扣除項目？
第十五條 匯算清繳期結束后，稅務機關發現企業應當取得而未取得發票、其他外部憑證或者取得不合規發票、不合規其他外部憑證并且告知企業的，企業應當自被告知之日起60日內補開、換開符合規定的發票、其他外部憑證。
第十六條 企業在規定的期限未能補開、換開符合規定的發票、其他外部憑證，并且未能按照本辦法第十四條的規定提供相關資料證實其支出真實性的，相應支出不得在發生年度稅前扣除。
按照上述規定，是否可以類推：土地增值稅清算之后，若發現新的“合法有效憑證”是否依然可以計入土地增值稅的扣除項目？
舉例：某項目公司在土地增值稅清算后，有關部門日常檢查時，發現該公司少支付了土地出讓金1.5億元人民幣，之后，該公司按規定補繳了土地出讓金，同時取得了支付土地出讓金的財政票據。
問：該項目公司支付的發生在土地增值稅清算之后土地出讓金支出，且取得財政票據，能否計入土地增值稅的扣除項目？
解析：若土地增值稅管理可以類比《企業所得稅稅前扣除憑證管理辦法》，那么應允許扣除。
二、“雙抬頭”合作建房在土地增值稅清算時，開發商支付并取得的“合法有效憑證”如何給村股份公司（出地方）扣除？
在“雙抬頭”合作建房的情況下，合作雙方不需要單獨成立項目公司，從取得土地使用權證開始，項目開發的權利人同屬出地方和出錢方。
從土地增值稅項目管理來看，要以土地增值稅的項目為清算單位；從納稅義務人來看，土地增值稅又需要分別由出地方和出錢方分別申報繳納。盡管土地增值稅的扣除項目存在成本分攤的情況，但一張憑證無法同時給兩方扣除，《企業所得稅稅前扣除憑證管理辦法》的“分割單”對土地增值稅管理啟發了新思維。
第十八條 企業與其他企業（包括關聯企業）、個人在境內共同接受應納增值稅勞務(以下簡稱“應稅勞務”)發生的支出，采取分攤方式的，應當按照獨立交易原則進行分攤，企業以發票和分割單作為稅前扣除憑證，共同接受應稅勞務的其他企業以企業開具的分割單作為稅前扣除憑證。
舉例：A公司為村股份公司，為出地方；B公司為房地產開發企業，為出錢方，雙方“雙抬頭”合作開發。開發過程中，B公司支付了土地出讓金1億元人民幣，取得了B公司為抬頭的財政票據。
問：在該合作建房土地增值稅清算時，是以A、B公司各自分房銷售的部分各自為清算單位，還是以A、B公司整個項目為清算單位？在計算土地增值稅時，B公司支付并取得的財政票據若需要給A公司分攤，A公司在進行土地增值稅扣除時的“合法有效憑證”是什么？
解析：若土地增值稅管理可以類比《企業所得稅稅前扣除憑證管理辦法》，假設清算的前提是扣除項目需要分攤扣除，那么在不同公司之間，以“分割單”作為扣除憑證是個好思路。